Pédagogiquement ouverte en Février 2007 l’université de Ziguinchor est depuis mars 2014 baptisée Université Assane SECK. C’est par le décret numéro 2008-537 du 22 mai 2008 portant création et organisation que l’université est reconnue comme institution publique.
Dans les années 2000 l’idée était d’abord de créer un centre universitaire régional (CUR). Toutefois, avec la volonté politique liée à l’élargissement de la carte universitaire et au regard des besoins et des potentialités de la région Sud, l’institution fut créé en tant que université publique.
Une des idées maitresses était de promouvoir la destination Sud, de créer une instituions ouverte sur la société et capable d’intégrer dans sa démarche les besoins de la région. C’était aussi un prétexte pour le Sénégal d’ouvrir une passerelle sur la sous-région en répondant au besoin de formation.

Avec 2 UFR (l’UFR Sciences et Technologie et l’UFR Sciences Economiques et Sociales), l’Université de Ziguinchor a donc démarré avec 257 étudiants, 20 enseignants-chercheurs et 30 personnels administratifs, techniques et de service.

Les 7 premiers départements étaient celui de Mathématiques, de Physique, de Chimie, d’Informatique, de Géographie, de gestion et la filière d’Informatique appliqué.

L’institution a été dirigée par le Professeur Amadou Tidiane BA, comme premier Recteur, qui en avait jeté les jalons. Aujourd’hui, c’est le Professeur Mamadou BADJI qui préside aux destinées de l’institution, en ayant succédé au Professeur Courfia Kéba DIAWARA et au Professeur Omar SOCK. La mission principale du Recteur est d’administrer l’institution en se référant au décret d’organisation et de fonctionnement et autres textes réglementaires. Son rôle essentiel est d’accompagner les 3 composantes de l’université que sont les enseignants-chercheurs, les étudiants et le personnel administratif, technique et de service.